Genellikle süt dişlerine uygulanan bu tedavi şekli kanal tedavisinin kısmi olarak uygulandığı bir durumdur. Özellikle derin süt dişi çürüklerinde çocuk diş hekimi uzmanlarının uyguladığı oldukça yaygın yöntemdir. Apse yapmamış derin süt dişi çürüklerinde kanal tedavisinden önce yapılabilecek bir seçenektir. Amputasyon yapılırken, dişin ağızda gözüken kron kısmındaki bütün çürük ve sinir dokusu temizlenir. Köklerdeki sinir ve damarlar bırakılır. Dişin içerisine özel ilaçlarla müdahale edilir ve doldurulur. Amputasyon süt azı dişlerinde ve 6 yaş dişleri dediğimiz kalıcı birinci büyük azı dişlerde kullanılan bir tedavi yöntemidir.